民國75年，空大創校伊始，學系規模初設三學系（人文、社會科學、商學），至民國82年8月，為因應社會脈動及學校成長的需要，乃於同一學期增設本系及生活科學系。就創系內容、特色與時間點而論，空大公共行政學系的成立，實與空大在81年接辦前政大行專（現改稱為空大附專），有著密切關係。

目前本系與專科部（原空專）行政管理科在課程上已經合一，學生在專科部行政管理科修滿80個學分即可獲得副學士學位，如畢業後繼續進修本系其他課程，累積128個學分即可獲得學士學位。本系為強化公務人力之素質以及提供公職人員之進修管道，目前也與海巡署、消防署和警政署合作開設專班，畢業後取得專科部副學士及學士學位。公共行政學系設立之宗旨在於探討有關公部門管理的知識體系及提供行政管理相關領域，以作為實務界人士(基層軍、警、公務員及準備高普考、研究所之在職人士)全方位的進修管道，本系的特色著重於理論與實務並重。