本校自1983年年8月起開始試辦，並同時成立花蓮學習指導中心（以下皆稱本中心）。本中心自成立起至1990年底，所使用之辨公場所及面授教室，均承蒙國立花蓮教育大學（原花蓮師範學院）全力提供支援與協助。

本校於1986年正式成立後，教育部及本校均期盼能於花蓮地區找一塊地來興建本中心之行政教學大樓，經校長、主任積極奔走，努力與國立花蓮教育大學溝通與連繫，終於在1989年底，國立花蓮教育大學同意借用該校體育館與音樂館旁之空地，提供本中心興建行政教學大樓，用以辦理各項行政業務與面授教學。

2000年後，教育部為因應台灣少子化問題，藉由擴大東部國立高教規模以提升競爭力，因而推動國立東華大學與國立花蓮教育大學合併案。兩校於2008年8月正式合併，新校名仍沿用「東華」，原國立花蓮教育大學校地改為美崙校區，在整併為單一校區後則改供創新研究園區使用。本校也因此向教育部提出校地分割案，希望將本中心所在地之地權由國立東華大學分割出，使之劃歸本校所有，歷經協調與規劃，終於在2013年11月完成分割及相關手續，本校正式取得本中心所在地之土地、建物所有權狀，使本中心所在之土地及建築所有權皆歸屬本校所有，花蓮空大學子也能安心在自己專屬的學習園地上求學。

本中心自設立迄今，在首任主任李榮興教授、第二任主任李思根教授、第三任主任陳世輝教授、第四任主任徐泉聲教授、第五任楊義隆教授、第六任主任沈中元教授、第七任主任楊義隆教授、第八任主任許立一教授、第九任主任唐先梅教授以及林坤鎮老師的用心規畫之下，不斷的充實中心的各項軟、硬體設備並建立各項完善的制度，奠定了穩固的基礎，全方位營造本中心成為東部地區最佳的終身學習園地。